최근 동북 아시아는 21세기를 주도하는 세계의 중심으로 부상하고 있다. 한국과 일본 및 중국을 중심으로 하는 동북 아시아는 경제의 역동성과 국제 안보에서의 중요성, 문화적 수월성으로 미래를 선도하는 새로운 축으로 등장하고 있다. 이러한 외형적 변화에도 불구하고 지난 수십 년간의 지속된 이념의 갈등과 역사적 유산이 동북 아시아의 실질적 협력을 제약하고 있다.

지리적 인접성과 경제의 상호 보완성, 문화적 동질성에도 불구하고, 과거 역사에서 형성된 편견과 갈등이 미래지향적인 협력과 발전을 가로막아 왔다. 그러나 이러한 과거지향적 의식속에서도 한국과 일본에서는 동북 아시아의 여러 국가가 과거 지향적인 갈등과 편협에서 벗어나 미래지향적인 새로운 관계를 정립하여 21세기를 주도하는 세계의 중심권으로 발돋움하여야 할 필요성을 절감하고 그 준비를 하여 왔다.

한국에서는 연세대학교가 일본, 중국, 극동 러시아, 몽고 등 동북아시아 국가들과 다양한 경로를 통해 협력과 이해증진을 위해 노력해 왔고, 일본에서는 일본재단이 일찌기 세계 유수의 나라와의 협력과 이해증진을 통해 동북아시아 국가들과의 협력 확대를 위한 사업을 전개하여 왔다. 두 기관은 1995년에 이같은 각자의 개척적인 노력이 높은 차원에서 동북 아시아의 역사와 문화에 대한 상호이해의 증진은 물론 지역의 안보와 경제협력을 위한 공동 관심사라는 점을 깨닫게 되었다.

마침 1995년은 동북아시아 지역의 갈등과 편협의 역사를 시간과 공간적으로 청산한 지 50주년이 되는 해이며 한일관계가 정상화된지 30주년이 되는 의미있는 해로서 동북아 지역에 미래 지향적인 협력관계가 시작되기에 알맞은 해라는데 인식을 같이 하기에 이르렀다. 이에 따라 두 기관의 그간의 노력과 이상을 실천하는 한 방안으로서 동북아시아의 역사와 문화에 대한 상호 이해의 증진은 물론 지역안보와 경제협력을 위한 연구기금의 설립에 합의하게 되었다.

이에 따라 일본재단은 1995년 12월 연세대학교에 연구기금 설립을 위한 기금 출연을 하였으며, 연세대학교는 이 기금의 독립적이고 효율적인 운용을 위해 1996년 6월 대한민국 외무부로부터 허가를 받아 [공익 재단법인 아시아연구기금]을 설립하였으며, 그 후 국내 민간기업의 추가 출연을 받아 오늘에 이르고 있다.